妙本寺は、日蓮聖人を開山に仰ぐ、日蓮宗最古の寺院です。開基は、比企能員の末子で、順徳天皇に仕えた儒学者比企大学三郎能本です。

この地は比企能員一族が住む谷戸（やと）であったところから「比企（ひきが）谷（やつ）」と呼ばれています。しかし、比企一族は建仁3年（1203年）に権力保持を目論む北条一族によって滅ぼされました。その争いを「比企の乱」といいます。

比企の乱の時、まだ幼少で京都にいたため生き延びたのが比企大学三郎能本でした。能本は、鎌倉の町に立って生命がけの布教をされている日蓮聖人に出会い、「わが一族の菩提を弔って下さるのは、このお聖人しかいない！」と決心し、自分の屋敷を日蓮聖人に献上したのが妙本寺の始まりです。

日蓮聖人は、文応元年（1260年）比企能本の父・能員と母に「長興」、「妙本」の法号をそれぞれ授与し、この寺を「長興山 妙本寺」と名付けられました。

第二祖は日朗聖人、第三祖日輪聖人を迎え、以来妙本寺と池上本門寺は一人の貫首が両山を統括する（両山一首）という方式が第74世 酒井日慎聖人の代まで（昭和16年まで）続きましたが、第75世 島田日雅聖人の代より専任の貫首を迎えることになりました。

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